DOI:10.18129 / b9.bioc.intad.

寻找表观遗传信号与TADS基因表达的相关性

Bioconductor版本:释放(3.13)

该包装的重点是检测在拓扑相关的结构域(TAD)或染色质接触环锚之间的表达基因和从芯片-SEQ数据中获得的增强剂之间的相关性的相关性(即从芯片-SEQ数据获得的增强剂)。可以控制各种参数来研究外部因素的影响,并且可用于每个分析步骤的可视化图。

作者:Konstantin Okonechnikov,Serap Erkek,Lukas Chavez

维护者:Konstantin Okonechnikov

引文(从R内,输入引文(“Intad”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

if(!percennamespace(“biocmanager”,squilly = true))install.packages(“biocmanager”)biocmanager ::安装(“Intad”)

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BROWSEVIGNETTES(“INTAD”)

HTML. r script. 表观遗传信号与基因在TADS中的相关性
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版本 1.12.0
在生物导体中以来 BIOC 3.7(R-3.5)(3年)
执照 GPL(> = 2)
依靠 R(> = 3.5),方法,S4Vectors.绞喉Genomicranges.MultiAsaySayexperiment.概括分析,统计数据
进口 生物根系BioBase.rtracklayer.,平行,图形,蒙链qvalue.ggplot2.,实用,ggpubr.
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Windows二进制文件 IntaD_1.12.0.zip.
Macos 10.13(高塞拉) IntaD_1.12.0.TGZ.
源存储库 git clone https://git.biocumon.org/packages/intad.
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.biocondudard.org:包装/ Intad
包短网址 https://biocumon.org/packages/intad/
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