Bioconductor版本:发布(3.13)
处理零膨胀单细胞分析数据的方法和模型。
作者:Andrew McDavid [aut, cre], Greg Finak [aut], Masanao Yajima [aut]
维护者:Andrew McDavid
引用(来自R,输入引用(“桅杆”)
):
要安装这个包,启动R(版本"4.1")并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager",悄然= TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("MAST")
对于旧版本的R,请参考相应的Bioconductor释放。
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,启动R并输入:
browseVignettes(“桅杆”)
超文本标记语言 | R脚本 | MAST简介 |
超文本标记语言 | R脚本 | MAST和singlecellexexperiment派生包之间的互操作性 |
超文本标记语言 | R脚本 | 利用MAST对MAIT细胞进行过滤、差异表达和基因集富集 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 |
版本 | 1.18.0 |
在Bioconductor中 | BioC 3.4 (R-3.3)(4.5年) |
许可证 | GPL (> = 2) |
取决于 | SingleCellExperiment(>= 1.2.0), r (>= 3.5) |
进口 | Biobase,BiocGenerics,S4Vectors,data.table,ggplot2,plyr,stringr,abind,方法,并行;reshape2,统计,统计,图形,utils,SummarizedExperiment(> = 1.5.3)更正,进步 |
链接 | |
建议 | knitr,rmarkdown,testthat,lme4(> = 1.0),blme,roxygen2(0 >),numDeriv,车,gdata,晶格,GGally,GSEABase,NMF,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,rsvd,limma,RColorBrewer,BiocStyle,嘘,DelayedArray,矩阵,HDF5Array,zinbwave,dplyr |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/RGLab/MAST/ |
BugReports | https://github.com/RGLab/MAST/issues |
这取决于我 | POWSC |
进口我 | celaref,singleCellTK |
建议我 | clusterExperiment |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。
源包 | MAST_1.18.0.tar.gz |
Windows二进制 | MAST_1.18.0.zip |
macOS 10.13 (High Sierra) | MAST_1.18.0.tgz |
源库 | git clone https://git.bioconductor.org/packages/MAST |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:packages/MAST |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/MAST/ |
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