MEB

doi：10.18129/b9.bioc.meb

标准化不变的最小封闭球方法，用于检测RNA-SEQ数据差异表达的基因

生物导体版本：版本（3.13）

识别相同或不同物种之间差异表达的基因是对生物学和医学研究的紧急需求。对于RNA-seq数据，进行实验时通常会遇到系统的技术效应和不同的测序深度。归一化被认为是发现表达上重要重要变化的重要步骤。目前的方法通常涉及具有缩放因子的数据归一化，然后检测重要的基因。但是，由于真实数据的复杂性，可能存在多个缩放因素。因此，通过单个缩放系数使数据归一化的方法可能会提供次优性能，甚至可能无法正常工作。现代机器学习技术的发展为差异表达（DE）和非DE基因的歧视提供了新的观点。但是，实际上，非DE基因仅包含一个小集，并且可能包含家政基因（在同一物种中）或保守的直系同源基因（在不同的物种中）。因此，检测DE基因的过程可以作为单级分类问题进行表述，其中仅观察到非DE基因，而训练数据中完全不存在DE基因。我们通过将DE基因视为离群值，将问题转化为异常检测问题，我们提出了一种归一化不变的最小封闭球（NIMEB）方法，以构建最小的可能的球，以在特征空间中包含已知的非DE基因。 The genes outside the minimum enclosing ball can then be naturally considered to be DE genes. Compared with the existing methods, the proposed NIMEB method does not require data normalization, which is particularly attractive when the RNA-seq data include more than one scaling factor. Furthermore, the NIMEB method could be easily extended to different species without normalization.

作者：Yan Zhou，Jiadi Zhu

维护者：jiadi zhu <2160090406 ater.szu.edu.cn>，yan zhou

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版本	1.6.0
在生物导体中	Bioc 3.10（R-3.6）（1。5年）
执照	GPL-2
要看	R（> = 3.6.0）
进口	E1071，，，，总结性特征
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建议	尼特，，，，rmarkDown，，，，生物使用
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源包	meb_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	meb_1.6.0.zip
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源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/meb
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/meb
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/meb/
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