MOFA2

doi：10.18129/b9.bioc.mofa2

多词因素分析V2

生物导体版本：版本（3.15）

MOFA2软件包包含用于培训和分析多词因素分析（MOFA）的工具集合。MOFA是一个概率因素模型，旨在从数据集中识别出可以包含多个OMIC层和/或样本组的数据集的主要变异轴。可以使用MOFA2的一部分使用Mefisto Framework合并样品上的其他时间或空间信息。可以使用下游分析功能，以检查每个因素，远程化，插补等的分子特征。

作者：Ricard Argelaguet [aut]，达米恩·阿诺尔[aut]，Danila Bredikhin [aut]，Britta Velten [AUT，CRE]

维护者：britta velten

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ MOFA2”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ MOFA2”）

html	R脚本	下游分析：概述
html	R脚本	模拟数据（时间）的Mefisto
html	R脚本	MOFA2：如何在R中训练模型
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯
版本	1.6.0
在生物导体中	Bioc 3.12（R-4.0）（1。5年）
执照	GPL（> = 2） +文件执照
要看	R（> = 4.0）
进口	RHDF5，，，，dplyr，，，，花花公子，，，，RESHAPE2，，，，pheatmap，，，，GGPLOT2， 方法，rcolorbrewer，，，，牛仔图，，，，Ggrepel，，，，网状，，，，HDF5Array，grdevices，统计，马格里特，，，，福卡，utils，Corrplot，，，，延迟，，，，RTSNE，，，，UWOT，，，，蛇怪，，，，Stringi
链接
建议	尼特，，，，测试，，，，Seurat，，，，ggpubr，，，，foreach，，，，心理，，，，多亚sayExexperiment，，，，总结性特征，，，，Singlecellexperiment，，，，ggrastr，，，，mvtnorm，，，，ggally，，，，rmarkDown，，，，Data.Table，，，，平淡无奇，，，，生物使用，，，，矩阵，，，，降价
系统要求	python（> = 3），numpy，pandas，h5py，scipy，argparse，sklearn，mofapy2
增强
URL	https://biofam.github.io/mofa2/index.html
BugReports	https://github.com/biofam/mofa2
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	mofa2_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	mofa2_1.6.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	mofa2_1.6.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mofa2
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/mofa2
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/mofa2/
软件包下载报告	下载统计