methreg.

DOI：10.18129 / b9.bioc.methreg.

评估DNA甲基化区域或基因转录位点的调节潜力

Bioconductor版本：释放（3.13）

外延一组关联研究（Ewas）检测大量的DNA甲基化差异，通常与疾病显着相关的数百个差异甲基化区域和数千个CpG，许多人位于非编码区中。因此，需要更好地了解这些CpG甲基化的功能影响，并进一步优先考虑显着变化。Methreg是用于DNA甲基化，靶基因表达和转录因子结合位点数据的整合性建模的R包，以系统地鉴定和等级功能性CpG甲基化。Methreg评估，优先考虑具有使用匹配的甲基化和基因表达数据的高调节潜力的CPG站点，以及基于手动策择，芯片-SEQ实验或基因调节网络分析的外部TF目标交互数据库。

作者：Tiago Silva [Aut，CRE]，莉莉王[aut]

维护者：Tiago Silva

安装

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if（！quancamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“methreg”）

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文件

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HTML.	r script.	Methreg：估算基因转录中DNA甲基化的调节潜力
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细节

Biocviews.	2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯
版本	1.1.0.
在生物导体中以来	BIOC 3.12（R-4.0）（0.5岁）
执照	GPL-3
依靠	r（> = 4.0）
进口	dplyr.那普利尔那Genomicranges.那概括分析那delayedarray那ggplot2.那ggpubr.那娇媚那Tidyr.那S4Vectors.那Sesamedata.那stringr.那读书，方法，统计，矩阵那大量的那rlang.那PSCL.那绞喉那SFSMISC.那进步，实用程序
链接到
建议	RAMAMAMDOW.那生物焦那testthat.（> = 2.1.0），并行，下载那R.utils.，实用，多达齐全那重塑2.那jaspar2020那TFBStools.那motifmatchr.那MatrixStats.那生物雕那多萝西娅那毒蛇那stager.那biocfilecache.那PNG.那htmltools.那kn那JPEG.那芝麻那bsgenome.hsapiens.ucsc.hg38
系统要求
加强
URL.
Bugreports.	https://github.com/transbioinfolab/methreg/issues/
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包档案包

跟随2021年欧洲杯比分预测 在r会话中使用此包的说明。

源包	methreg_1.1.0.tar.gz.
Windows二进制文件	methreg_1.1.0.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	methreg_1.1.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/methreg.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondudard.org：包装/ methreg
包短网址	https://biocumon.org/packages/methreg/
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