MethylAid

DOI:10.18129 / B9.bioc.MethylAid

大型Illumina DNA甲基化阵列数据集的可视化和交互式质量控制

Bioconductor版本:发布(3.13)

一个使用RStudio闪亮包的可视化交互式web应用程序。使用阵列和用户可调阈值上的样本依赖和样本独立控制来检测质量差的样本。通过使用阵列上的质量控制探针的几个交互诊断图，可以对质量差的样品进行深入的探索。此外，可以探索用户提供的任何批处理效果的影响。

作者:Maarten van Iterson [aut, cre]， Elmar Tobi[ctb]， Roderick Slieker[ctb]， Wouter den Hollander[ctb]， Rene Luijk[ctb]和Bas Heijmans[ctb]

维护者:l.j.s kke < l.j.s kke下沉到谷底

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.1")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"，悄然= TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("MethylAid")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“MethylAid”)

PDF	R脚本	MethylAid: Illumina人DNA甲基化阵列数据的可视化和交互式质量控制
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细节

biocViews	2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯
版本	1.26.0
在Bioconductor中	BioC 3.0 (R-3.1)(6.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.4)
进口	Biobase，BiocParallel，BiocGenerics，ggplot2、网格gridBase、grDevices、图形、hexbin，matrixStats，minfi(>= 1.22.0)，RColorBrewer，闪亮的统计数据,SummarizedExperiment,跑龙套
链接
建议	BiocStyle，knitr，MethylAidData，minfiData，minfiDataEPIC，RUnit
SystemRequirements
增强了
URL
这取决于我	MethylAidData
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	MethylAid_1.26.0.tar.gz
Windows二进制	MethylAid_1.26.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	MethylAid_1.26.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/MethylAid
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/MethylAid
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/MethylAid/
软件包下载报告	下载数据