MoonlightR

DOI:10.18129 / B9.bioc.MoonlightR

从组学数据中识别癌基因和抑癌基因

Bioconductor版本:Release (3.15)

动机:对癌症机制的理解需要识别在病理发展中起作用的基因,并描述其作用(特别是致癌基因和肿瘤抑制因子)。结果:我们提出了一个名为MoonlightR的R/生物导体包,它根据TCGA表达数据返回特定癌症类型的候选驱动基因列表。该方法首先推断基因调控网络,然后进行功能富集分析(FEA)(实施上游调控分析,URA),以对已知生物过程与所研究的癌症类型的重要性进行评分。最终,通过随机森林,MoonlightR预测了候选驱动基因的两个特定作用:i)肿瘤抑制基因(TSGs)和ii)致癌基因(OCGs)。因此,这种方法不仅可以识别起双重作用的基因(例如,TSG在一种癌症类型中,OCG在另一种癌症类型中),而且还有助于阐明其特定作用背后的生物学过程。特别是,MoonlightR可用于发现同一癌症类型的OCGs和TSGs。这可能有助于回答一些基因是否在乳腺癌早期(I, II)和晚期(III, IV)之间改变作用的问题。在未来,这种分析可能有助于确定对化疗治疗的不同耐药性的原因。

维护者:Matteo Tiberti < Tiberti at cancer.dk>

引文(从R内,输入引用(“MoonlightR”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

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文档

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browseVignettes(“MoonlightR”)

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版本 1.22.0
在Bioconductor BioC 3.4 (R-3.3)(5.5年)
许可证 GPL (>= 3)
取决于 R (>= 3.5),doParallelforeach
进口 parmigenerandomForestSummarizedExperimentgplotscirclizeRColorBrewer养蜂人clusterProfiler剂量Biobaselimma, grDevices,图形,TCGAbiolinksGEOquery统计数据,RISmed,网格,utils
链接
建议 BiocStyleknitrrmarkdowntestthatdevtoolsroxygen2png
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/ELELAB/MoonlightR
BugReports https://github.com/ELELAB/MoonlightR/issues
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包 MoonlightR_1.22.0.tar.gz
Windows二进制 MoonlightR_1.22.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) MoonlightR_1.22.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MoonlightR
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MoonlightR
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/MoonlightR/
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