MultiAssayExperiment

DOI:10.18129 / B9.bioc.MultiAssayExperiment

生物导体中多组学实验集成软件

生物导体版本:发布(3.13)

MultiAssayExperiment协调在重叠的一组标本上进行的多个实验分析的数据管理。通过扩展summarizedexperexperimental中的概念，它提供了熟悉的Bioconductor用户体验，支持标准数据类的开放式组合用于单个分析，并允许按基因组范围或行名进行子集划分。提供了将数据重塑为宽格式和长格式的设施，以适应绘图和下游分析。

作者:Marcel Ramos [aut, cre]， Levi Waldron [aut]， MultiAssay SIG [ctb]

维护者:马塞尔·拉莫斯<马塞尔。拉莫斯在roswellpark.org >

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!安装BiocManager::install("MultiAssayExperiment")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“MultiAssayExperiment”)

超文本标记语言	R脚本	多分析实验的协调分析
超文本标记语言	R脚本	HDF5Array和MultiAssayExperiment
PDF		MultiAssayExperiment_cheatsheet.pdf
超文本标记语言	R脚本	快速启动指南
PDF		参考手册
文本		新闻
视频		MultiAssayExperiment演示
视频		Marcel Ramos, Workshop 200: MultiAssayExperiment and策展tcgadata Bioconductor 2020 Workshop

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯
版本	1.18.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (R-3.3)(4.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.0.0),SummarizedExperiment(> = 1.3.81)
进口	方法,GenomicRanges(> = 1.25.93),BiocGenerics，S4Vectors(> = 0.23.19),IRanges，Biobase统计数据,tidyr,跑龙套
链接
建议	BiocStyle，HDF5Array(> = 1.19.17),knitr，maftools(> = 2.7.10),rmarkdown，R.rsp，RaggedExperiment，UpSetR，生存，survminer，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	http://waldronlab.io/MultiAssayExperiment/
BugReports	https://github.com/waldronlab/MultiAssayExperiment/issues
取决于我	篮球选手，cBioPortalData，ClassifyR，curatedTCGAData，evaluomeR，glmSparseNet，hipathia，InTAD，microbiomeDataSets，midasHLA，missRows，OMICsPCAdata，QFeatures，SingleCellMultiModal，TimiRGeN
进口我	AffiXcan，意大利苦杏酒，微生物，自治，CoreGx，科拉尔，埃尔默，还装有，HMP2Data，LinkHD，metabolomicsWorkbenchR，现代艺术博物馆，MultiBaC，netDx，OMICsPCA，omicsPrint，莲花，PDATK，PharmacoGx，scp，TCGAutils
建议我	BiocOncoTK，brgedata，CNVRanger，德科，maftools，MOFA2，MOFAdata，MultiDataSet，RaggedExperiment
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	MultiAssayExperiment_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	MultiAssayExperiment_1.18.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	MultiAssayExperiment_1.18.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MultiAssayExperiment
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MultiAssayExperiment
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/MultiAssayExperiment/
包下载报告	下载数据