mutationalpatterns.

DOI：10.18129 / b9.bioc.mutationalpatterns.

综合基因组突变分析突变过程

Bioconductor版本：释放（3.13）

突变过程在基因组DNA中留下特征占地面积。该软件包提供了一套全面的灵活功能，允许研究人员轻松评估和可视化例如Qual替代目录中的多种突变模式。健康样品，肿瘤样品或DNA修复缺陷细胞。该包装涵盖了各种模式，包括：突变签名，转录和复制链偏压，病变偏析，基因组分布和与基因组特征的关系，其对于研究突变过程的活性是共同的意义。该包装适用于单核苷酸变体（SNV），插入和缺失（Indels），双基取代（DBS）和较大的多基取代（MBS）。该包提供了提取突变签名De Novo的功能，并确定先前识别的突变签名对单个样本水平的贡献。MutationalPatterns与常见的R基因组分析工作流集成并允许轻松与（可公开）的注释数据相关联。

作者：Freek Menders [Aut]，francis blokzijl [aut]，Roel Janssen [Aut]，jurrian de kanter [ctb]，rurika oka [cre]，Ruben van Boxtel [Aut，CPH]，edwin cuppen [aut]

维护者：rurika oka

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！qualocameSpace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“mutationalpatterns”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

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Browsevignettes（“MutationalPatterns”）

HTML.	r script.	MutationalPatterns介绍
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文本		执照

细节

Biocviews.	2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯
版本	3.2.0
在生物导体中以来	BIOC 3.4（R-3.3）（4.5岁）
执照	mit +文件执照
依靠	r（> = 4.1.0），Genomicranges.（> = 1.24.0），NMF.（> = 0.20.6）
进口	统计数据，S4Vectors.那生物根系（> = 0.18.0），bsgenome.（> = 1.40.0），VariantAnnotation.（> = 1.18.1），dplyr.（> = 0.8.3），娇媚（> = 2.1.3），邮风（> = 0.3.2），Tidyr.（> = 1.0.0），stringr.（> = 1.4.0），Magrittr.（> = 1.5），ggplot2.（> = 2.1.0），Pracma.（> = 1.8.8），绞喉（> = 2.6.0），genomeinfodb.（> = 1.12.0），生物仪器（> = 2.40.0），ggdendro（> = 0.1-20），电台（> = 0.9.2），ggalluvial.（> = 0.12.2）
链接到
建议	bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19（> = 1.4.0），生物焦（> = 2.0.3），txdb.hsapiens.ucsc.hg19.knowngene.（> = 3.2.2），生物雕（> = 2.28.0），格拉底（> = 2.2.1），rtracklayer.（> = 1.32.2），ccfindr.（> = 1.6.0），基因组法那annotationdbi.那testthat.那kn那RAMAMAMDOW.
系统要求
加强
URL.	https://doi.org/10.1186/s13073-018-0539-0
取决于我
进口我
建议我
链接给我
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包档案包

跟随2021年欧洲杯比分预测 在r会话中使用此包的说明。

源包	mutationalpatterns_3.2.0.tar.gz.
Windows二进制文件	mutationalpatterns_3.2.0.zip.（32-＆64位）
Macos 10.13（高塞拉）	mutationalpatterns_3.2.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/mutationalpatterns.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/ umattern
包短网址	https://biocumon.org/packages/mutationalpatterns/
包裹下载报告	下载统计信息