NADfinder

DOI:10.18129 / B9.bioc.NADfinder

对测序数据调用宽峰值

生物导体版本:发布(3.12)

核仁是真核细胞细胞核内的重要结构。它是将rDNA转录成rRNA和组装核糖体(又称核糖体生物发生)的位置。此外，核仁是动态枢纽，通过许多蛋白质穿梭和接触特定的非rdna基因组位点。与分离核仁相关的DNA (NAD- seq)的深度测序分析表明，特定的位点，称为核仁相关域(NADs)形成频繁的三维关联核仁。NAD-seq已被用于研究NAD的生物学功能和胚胎干细胞(ESC)分化过程中NAD的动态分布。在这里，我们开发了一个Bioconductor软件包NADfinder，用于对nads -seq数据进行生物信息学分析，包括基线校正、平滑、归一化、峰值调用和注释。

作者:欧建宏，刘海波，于军，Hervé Pagès, Paul Kaufman, Lihua Julie Zhu

维护者:欧建宏<建宏。Lihua Julie Zhu < Julie . ou at duke.edu>;朱:umassmed.edu >

安装

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如果(!安装BiocManager::install("NADfinder")

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文档

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browseVignettes(“NADfinder”)

超文本标记语言	R脚本	NADfinder.html
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文本		新闻

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯
版本	1.14.0
Bioconductor自	BioC 3.5 (R-3.4)(4年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.4),BiocGenerics，IRanges，GenomicRanges，S4Vectors，SummarizedExperiment
进口	图形、方法基线，信号，GenomicAlignments，GenomeInfoDb，rtracklayer，limma，trackViewer,统计,跑龙套,Rsamtools，metap，EmpiricalBrownsMethod，ATACseqQC，corrplot，csaw
链接
建议	RUnit，BiocStyle，knitr，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10，testthat，BiocManager
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	NADfinder_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	NADfinder_1.14.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	NADfinder_1.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NADfinder
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ NADfinder
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/NADfinder/
包下载报告	下载数据