OSAT

DOI:10.18129 / B9.bioc.OSAT

OSAT:最佳样本分配工具

Bioconductor版本:发行版(3.16)

一个相当大的基因组学研究，如微阵列，由于实际的复杂性，经常涉及多批(组)实验的使用。为了最大限度地减少批次效应，仔细的实验设计应确保在批次中生物组和混杂因素的均匀分布。开发了OSAT(最佳样品分配工具)，以方便将收集的样品分配到不同批次。通过最少的步骤，它产生的设置优化了生物感兴趣的组中的样品均匀分布到不同的批次，减少了批次和感兴趣的生物变量之间的混淆或相关性。它还可以优化混合因素在批次间的均匀分布。我们的工具可以处理不完整和不平衡的样本收集以及理想平衡的RCBD的挑战性实例。OSAT为一些最常用的基因组平台提供了许多预定义的布局。相关论文可在http://www.biomedcentral.com/1471-2164/13/689上找到。

作者:李燕

维护者:李艳<李。roswellpark.org>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“OSAT”)

PDF	R脚本	关于OSAT的介绍
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯
版本	1.46.0
在Bioconductor	BioC 2.11 (R-2.15)(10年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	方法,统计数据
进口
链接
建议	xtable，Biobase
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.biomedcentral.com/1471-2164/13/689
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	OSAT_1.46.0.tar.gz
Windows二进制	OSAT_1.46.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	OSAT_1.46.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	OSAT_1.46.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/OSAT
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/OSAT
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/OSAT/
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