Oncosimulr

doi：10.18129/b9.bioc.oncosimulr

癌的正向遗传模拟与上毒的进展

生物导体版本：版本（3.15）

无性群体中正向种群基因模拟的功能，特别关注癌症的进展。适应性可以是多个基因或基因模块之间的遗传相互作用的任意功能，包括上毒，突变积累中的顺序限制以及阶效应。健身也可以是其他基因型（即频率依赖性适应性）的相对频率和绝对频率的函数。基因之间的突变速率可能有所不同，我们可以包括突变器/抗泡物基因（以建模突变器表型）。也可以模拟多种物种方案和治疗干预措施。模拟使用连续的时间模型，可以包括驱动程序和乘客基因和模块。还包括：模拟肿瘤树，结合性贝叶斯网络和其他癌症进展模型中发现的类型的随机DAG；来自模拟的单个或多个实现的绘制和采样，包括单细胞采样；绘制克隆的亲子关系；生成随机的健身风景（粗糙的富士山，纸牌屋，添加剂，NK，Ising和蛋盒模型），并绘制它们。

作者：Ramon Diaz-riarte [AUT，CRE]，Sergio Sanchez-Carrillo [AUT]，Juan Antonio Miguel Gonzalez [AUT]，Mark Taylor [CTB]，Arash Partow [CTB]，Sophie Brouillet [CTB]，Sebastian Matuszewski [CTB [CTB]]，Harry Annoni [CTB]，Luca Ferretti [CTB]，Guillaume Achaz [CTB]，Guillermo Gorines Cordero [CTB]，Ivan Lorca Alonso [CTB]，Francisco Mu \ 〜noz Lopez [CTB]，David Roncero Moro \ david Roncero \ 〜no Moro \ 〜〜[CTB]，Alvaro Quevedo [CTB]，Pablo Perez [CTB]，Cristina Devesa [CTB]，Alejandro Herrador [CTB]，Holger Froehlich [CTB]，Florian Markowetz [CTB]，Achim Tresch [CTB]，CTB]]，Christian Bender [CTB]，Matthias Maneck [CTB]，Claudio Lottaz [CTB]，Tim Beissbarth [CTB]，Sara Dorado Alfaro [CTB]\ 〜Nanes cayero [CTB]，Alejandro Martin Mu \ 〜Noz [CTB]，Marta Couce Iglesias [CTB]，Silvia Garcia Cobos [CTB]，Carlos Madariaga Madariaga Aramendi [CTB]，Ana Rodriguez Ronchel [CTB]CTB]，Yolanda Benitez Quesada [CTB]，Asier FernandeZ Pato [CTB]，Esperanza Lopez Lopez [CTB]，Alberto Manuel Parra Perra Perez [CTB]，Jorge Garcia Calleja [CTB]，Ana del Ramo Galian [CTB]，Alejandro de Los de los Reyes Benitez [CTB]]，Rosalia Palomino Cabrera [CTB]，Rafael Barrero Rodriguez [CTB]，Silvia Talavera Marcos [CTB]，Niklas Endres [CTB]

维护者：ramon diaz-uriarte

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ OncoSimulr”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Oncosimulr”）

html	R脚本	Oncosimulr：具有任意上毒相互作用的无性群体中的正向遗传模拟，重点是建模肿瘤进展。
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯
版本	3.4.0
在生物导体中	Bioc 3.0（R-3.1）（7。5年）
执照	GPL（> = 3）
要看	R（> = 3.5.0）
进口	RCPP（> = 0.12.4），并行，Data.Table，，，，图形，，，，rgraphviz，，，，gtools，，，，Igraph， 方法，rcolorbrewer，grdevices，车，，，，dplyr，，，，smatr，，，，GGPLOT2，，，，Ggrepel，，，，Stringr
链接	RCPP
建议	生物使用，，，，尼特，，，，Oncotree，，，，测试（> = 1.0.0），rmarkDown，，，，预订，，，，潘德
系统要求
增强
URL	https://github.com/rdiaz02/oncosimulhttps://popmodels.cancercontrol.cancer.gov/gsr/packages/oncosimulr/
BugReports	https://github.com/rdiaz02/oncosimul/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	oncosimulr_3.4.0.tar.gz
Windows二进制	oncosimulr_3.4.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	oncosimulr_3.4.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/oncosimulr
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/oncosimulr
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/oncosimulr/
软件包下载报告	下载统计