PWMEnrich

DOI:10.18129 / B9.bioc.PWMEnrich

PWM富集分析

Bioconductor版本:发行版(3.13)

一个工具包的高级功能的DNA基序扫描和富集分析建立在Biostrings。主要功能是对已知PWM进行PWM富集分析(例如来自MotifDb等数据库)，但该包还实现了用于PWM扫描和可视化的高级功能。该包不执行“从头”motif发现，而是专注于使用由实验衍生或由其他工具计算构建的motif。

作者:Robert Stojnic, Diego Diez

维护者:Diego Diez

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“PWMEnrich”)

PDF	R脚本	“PWMEnrich”包概述
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯
版本	4.28.1
在Bioconductor	BioC 2.11 (R-2.15)(8.5年)
许可证	LGPL (>= 2)
取决于	R(>= 3.5.0)，方法，网格，BiocGenerics，Biostrings
进口	seqLogo，gdata，evd，S4Vectors
链接
建议	MotifDb，BSgenome，BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3，PWMEnrich.Dmelanogaster.background，testthat，gtools平行,PWMEnrich.Hsapiens.background，PWMEnrich.Mmusculus.background，BiocStyle，knitr
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	PWMEnrich.Dmelanogaster.background，PWMEnrich.Hsapiens.background，PWMEnrich.Mmusculus.background
进口我
建议我	rTRM
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	PWMEnrich_4.28.1.tar.gz
Windows二进制	PWMEnrich_4.28.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	PWMEnrich_4.28.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PWMEnrich
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/PWMEnrich
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/PWMEnrich/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.13的旧源包	源存档