pathwaysplice.

DOI：10.18129 / b9.bioc.pathwaysplice.

这个包是弃用。它可能会从生物导体中移除。请参考套餐终身指南想要查询更多的信息。

用于无偏的剪接路径分析的R包

Biocometiond版本：释放（3.12）

替代剪接的途径分析将被偏置，而不占与每个基因相关的不同数量的外显子，因为具有较高数量的外显子的基因更容易被包括在替代剪接中的“重要的”基因列表中。pathwaysplice是一种r封装，：（1）进行途径分析，该途径分析明确调整与每个基因相关的外显子数（2）可视化选择偏差，由于每个基因的不同的外显子（3）正式测试偏置的存在logistic regression (4) supports gene sets based on the Gene Ontology terms, as well as more broadly defined gene sets (e.g. MSigDB) or user defined gene sets (5) identifies the significant genes driving pathway significance (6) organizes significant pathways with an enrichment map, where pathways with large number of overlapping genes are grouped together in a network graph

作者：Aimin Yan，西陈，莉莉王

维护者：Aimin Yan

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.0”）并输入：

if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“pathwaysplice”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

PDF.		参考手册

细节

Biocviews.	2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯
版本	1.14.0
在生物导体中以来	BIOC 3.6（R-3.4）（3.5岁）
执照	LGPL（> = 2）
依靠	r（> = 3.5.0）
进口	Goseq.那BioBase.那剂量那重塑2.那iGraph.那org.hs.eg.db.那org.mm.eg.db.那生物根系那annotationdbi.那JunctionSeq.那百瑞德那go.db.那gdata.那Genelendatabase.，grdevices，图形，统计数据，utils，venndiagram.那rcolorbrewer.那EnsembldB.那annotationhub.那S4Vectors.那dplyr.那情节那网站那HTMLWidgets.那mgcv.那格拉底， 网格，贡献那娇媚那enrichmentbrowser.那注释那凯格斯特
链接到
建议	testthat.那kn那RAMAMAMDOW.
系统要求
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包档案包

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源包
Windows二进制文件
Macos 10.13（高塞拉）
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/pathwaysplice.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/ pathwaysplice
包短网址	https://biocumon.org/packages/patpwaysplice/
包裹下载报告	下载统计信息