Rcade

DOI:10.18129 / B9.bioc.Rcade

基于r的ChIP-seq和差异表达的分析——一种集成基于计数的ChIP-seq分析与差异表达汇总数据的工具

Bioconductor版本:发行版(3.12)

Rcade(代表“基于r的ChIP-seq和差分表达式分析”)是一种通过贝叶斯框架将ChIP-seq数据与差分表达式汇总数据集成的工具。一个关键的应用是识别转录因子的目标基因——也就是说，我们收集与ChIP-seq峰相关的基因，以及在与该TF相关的一些扰动下的差异表达。

作者:乔纳森·凯恩斯

维护:Jonathan Cairns

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("Rcade")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“Rcade”)

PDF	R脚本	Rcade装饰图案
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文本		自述
文本		新闻

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯
版本	1.32.0
Bioconductor自	BioC 2.11 (R-2.15)(8.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R(>= 3.5.0)，方法，GenomicRanges，Rsamtools，baySeq
进口	utils, grDevices，统计，图形，rgl，plotrix，S4Vectors(> = 0.23.19),IRanges，GenomeInfoDb，GenomicAlignments
链接
建议	limma，biomaRt，RUnit，BiocGenerics，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	Rcade_1.32.0.tar.gz
Windows二进制	Rcade_1.32.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	Rcade_1.32.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Rcade
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Rcade
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/Rcade/
包下载报告	下载数据