Repitools

DOI:10.18129 / B9.bioc.Repitools

外遗传性工具

生物导体版本:发布(3.12)

基于富集的表观基因组数据分析工具。其特点包括根据基因表达背景总结和可视化跨启动子的表观基因组数据，发现差异甲基化/结合区域，BayMeth用于甲基化定量等。

作者:马克·罗宾逊<马克。罗宾逊在imls.uzh.ch >，Dario Strbenac , Aaron Statham , Andrea Riebler

维护者:Mark Robinson < Mark。罗宾逊在imls.uzh.ch >

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“Repitools”)

PDF	R脚本	使用repittools进行表观基因组测序数据
PDF		参考手册

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯
版本	1.36.0
Bioconductor自	BioC 2.9 (R-2.14)(9.5年)
许可证	LGPL (> = 2)
取决于	R(>= 3.0.0)，方法，BiocGenerics(> = 0.8.0)
进口	平行,S4Vectors(> = 0.17.25),IRanges(> = 2.13.12),GenomeInfoDb，GenomicRanges，Biostrings，Rsamtools，GenomicAlignments，rtracklayer，BSgenome(> = 1.47.3),gplots、网格质量，gsmoothr，刨边机(> = 3.4.0),DNAcopy，林格，Rsolnp，集群
链接
建议	ShortRead，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	Repitools_1.36.0.tar.gz
Windows二进制	Repitools_1.36.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	Repitools_1.36.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Repitools
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Repitools
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/Repitools/
包下载报告	下载数据