RFASTP

doi：10.18129/b9.bioc.rfastp

超快速和多合一的FASTQ预处理器（质量控制，适配器，低质量和Polyx修剪）和UMI序列解析）。

生物导体版本：版本（3.15）

RFASTP是在C ++中开发的FASTP的R包装器。FASTP对FASTQ文件执行质量控制。包括质量低的基础修剪，polyx修剪，适配器自动检测和修剪，配对末端读取合并，UMI序列/ID处理。RFASTP可以将多个文件串联成一个文件（例如Shell Command Cat），并接受多个文件作为输入。

作者：Wei Wang [AUT]，Ji-Dung Luo [CTB]，托马斯·卡洛尔[CRE，AUT]

维护者：thomas carroll

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ rfastp”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ rfastp”）

html	R脚本	RFASTP
PDF		参考手册
文本		执照

细节

生物浏览	2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯
版本	1.6.0
在生物导体中	Bioc 3.12（R-4.0）（1。5年）
执照	GPL-3 +文件执照
要看
进口	RCPP，，，，rjson，，，，GGPLOT2，，，，RESHAPE2
链接	RCPP，，，，Rhtslib，，，，Zlibbioc
建议	生物使用，，，，测试，，，，尼特，，，，rmarkDown
系统要求	gnu做
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	rfastp_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	rfastp_1.6.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	rfastp_1.6.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rfastp
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/rfastp
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/rfastp/
软件包下载报告	下载统计