rmmquant

doi：10.18129/b9.bioc.rmmquant

RNA-seq多映射读取量化工具

生物导体版本：版本（3.13）

RNA-Seq当前常规使用，并提供有关基因转录的准确信息。但是，该方法无法准确估计重复的基因表达。以前已经使用了几种策略，但所有策略都提供了有偏见的结果。使用rmmquant，如果在不同位置处的读取地图，该工具会检测到相应的基因被复制。它融合了基因并创建合并的基因。然后，模棱两可的读取的计数基于输入基因和合并基因。RMMQuant是对广泛使用的工具findoverlaps和featurecounts的置换式替换，该工具以毫无疑问的方式处理多映射读取。

作者：Zytnicki Matthias [AUT，CRE]

维护者：zytnicki matthias

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ rmmquant”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ rmmquant”）

html	R脚本	rmmquant包装
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯
版本	1.10.0
在生物导体中	Bioc 3.8（R-3.5）（2。5年）
执照	GPL-3
要看	R（> = 3.6）
进口	RCPP（> = 0.12.8），方法，S4VECTORS，，，，基因组机，，，，总结性特征，，，，DevTools，，，，TBX20BAMSUBSET，，，，txdb.mmusculus.ucsc.mm9，，，，org.mm.eg.db，，，，deseq2，，，，生物使用
链接	RCPP
建议	尼特，，，，rmarkDown，，，，测试
系统要求	C ++ 11
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	rmmquant_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	rmmquant_1.10.0.zip（32-和64位）
MacOS 10.13（高山脉）	rmmquant_1.10.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rmmquant
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/rmmquant
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/rmmquant/
软件包下载报告	下载统计