Rsamtools

DOI:10.18129 / b9.bioc.rsamtools.

二进制对齐(BAM)、FASTA、变体调用(BCF)和tabix文件导入

生物导体版本:发布(3.12)

这个包提供了一个“samtools”、“bcftools”和“tabix”实用程序的接口,用于操作SAM(序列对齐/映射)、FASTA、二进制变体调用(BCF)和压缩索引tab分隔(tabix)文件。

作者:马丁摩根,HervéPagès,Valerie Obenchain,Nathaniel Hayden

Maintainer: Bioconductor Package Maintainer < Maintainer at Bioconductor。org>

引文(从R中输入引用(“Rsamtools”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!安装软件包(“BiocManager”)

有关较旧版本的R,请参阅适当的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“Rsamtools”)

PDF R脚本 Rsamtools简介
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证
视频 堆积在Rsamtools

细节

Biocviews. 2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯
版本 2.6.0
Bioconductor自 BioC 2.6 (R-2.11)(11年)
许可证 艺术- 2.0 |文件许可证
取决于 方法,genomeinfodb.(> = 1.1.3),GenomicRanges(> = 1.31.8),生物仪器(> = 2.47.6)
进口 跑龙套,BiocGenerics(> = 0.25.1),S4Vectors(> = 0.17.25),IRanges(> = 2.13.12),XVector(> = 0.19.7),zlibbioc,bitops,BiocParallel,统计数据
链接 Rhtslib(> = 1.17.7),S4Vectors,IRanges,XVector,生物仪器
建议 GenomicAlignments,ShortRead(> = 1.19.10),GenomicFeatures,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene,KEGG.db,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene,RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,RUnit,BiocStyle
SystemRequirements GNU使
增强了
URL //www.andersvercelli.com/packages/Rsamtools
BugReports https://github.com/Bioconductor/Rsamtools/issues
取决于我 ArrayExpressHTS,BaalChIP,BitSeq,嵌合体,法典,contiBAIT,CoverageView,esATAC,exomeCopy,弗雷泽,GenomicAlignments,GenomicFiles,girafe,gmapR,HelloRanges,感兴趣,leeBamViews,MEDIPS,methylPipe,MMDiff2,podkat,r3cseq.,Rcade,repviz.,ReQON,rfPred,rnaSeqMap,范围,测序,SGSEQ.,ShortRead,Sictools.,SNPhood,ssviz,systemPipeR,TarSeqQC,TBX20BamSubset,TEQC,VariantAnnotation.,wavClusteR
进口我 AllelicImbalance,高山,AneuFinder,annmap,AnnotationHubData,appreci8R,ArrayExpressHTS,ASpediaFI,Aspli.,ATACseqQC,BadRegionFinder,bambu,BBCAnalyzer,biovizBase,biscuiteer,breakpointR,BRGenomics,BSgenome,蛋糕,卡斯珀,cellbaseR,CexoR,cfDNAPro,chimeraviz,ChIPComp,ChIPexoQual,ChIPpeakAnno,ChIPQC,chipseqDBData,ChIPSeqSpike,ChromSCape,铬星座,chromVAR,cn.mops,CNVfilteR,CNVPanelizer,CNVRD2.,COMPETOOLS.,共识,CopyNumberPlots,撰稿人,CrispRVariants,csaw,CSSQ,Customprodb.,DAMEfinder,DegNorm,derfinder,DEXSeq,DiffBind,Diffhic.,easyRNASeq,EDASeq,EnsembldB.,epigenomix,eudysbiome,exomePeak2,FilterFFPE,FourCSeq,FunChIP,FunciSNP,gcapc,GeneGeneInteR,GenoGAM,genomation,GenomicAlignments,GenomicInteractions,Genvisr.,GGBIO.,GGtools,gmoviz,哥特,GreyListChIP,GUIDEseq,Gviz,h5vc,HTSeqGenie,icetea,ima,检查,Karyploter.,ldblock,LungCancerLines,MACPET,MADSEQ,联合化疗,metagene,metagene2,metaseqR2,methylKit,MMAPPR2,MMAPPR2data,马赛克,motifmatchr,msgbsR,NADfinder,NanoMethViz,nearBynding,ngsReports,诊断,ORFik,panelcn.mops,PGA,图片,plyranges,婴儿车,PureCN,QDNAseq,qsea,QuasR,R453Plus1Toolbox,ramwas,Rariant,收回,repitools.,RiboProfiling,riboSeqR,ribosomeProfilingQC,RNAmodR,RNAprobR,RNASeqR,rqc.,rtracklayer,颈背,segmentSeq,seqplots,seqsetvis,SimFFPE,soGGi,SplicingGraphs,srnadiff,strandCheckR,TCseq,TFutils,tracktables,trackViewer,transcriptR,Trnascanimport.,TSRchitect,TVTB,UMI4Cats,uncoverappLib,VariantFiltering,VariantTools,vasp,VaSP,VCFArray,vplotr.
建议我 annotationhub.,APAlyzer,bamsignals,BaseSpaceR,BiocGenerics,BiocParallel,Biomvrcns.,芝加哥,chipseqDB,csawUsersGuide,epivizrChart,,genomeinfodb.,GenomicDataComons.,GenomicFeatures,GenomicRanges,GeuvadisTranscriptExpr,gQTLstats,gwascat,IRanges,metaseqR,NanoporeRNASeq,omicsPrint,parathyroidSE,profileplyr,RNAmodR。毫升,SeqArray,seqbias,SigFuge,similaRpeak,彩带,TFutils
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遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包 rsamtools_2.6.0.tar.gz.
Windows二进制 Rsamtools_2.6.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) Rsamtools_2.6.0.tgz
源库 git clone https://git.biocumon.org/packages/rsamtools.
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Rsamtools
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/Rsamtools/
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