Rsubread

DOI:10.18129 / B9.bioc.Rsubread

测序数据的制图、量化和变异分析

Bioconductor版本:发行版(3.12)

RNA测序数据(包括bulk RNA-seq和scRNA-seq)和DNA测序数据(包括ATAC-seq, ChIP-seq, WGS, WES等)的比对、量化和分析。包括读映射，读计数，SNP调用，结构变异检测和基因融合发现的功能。可应用于所有主要的测序技术和短序列和长序列读取。

作者:石伟、廖杨、戈登·K·史密斯(戴珍妮为其撰稿)

维护者:魏氏<魏氏。shi在onjcri.org.au>，杨辽<杨。在onjcri.org.au>和Gordon K Smyth < Smyth在wehi.edu.au>

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“Rsubread”)

PDF	R脚本	Rsubread装饰图案
PDF		SubreadUsersGuide.pdf
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯
版本	2.4.2
在Bioconductor公司	BioC 2.8 (R-2.13)(10年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于
进口	grDevices, stats, utils，矩阵
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL	//www.andersvercelli.com/packages/Rsubread
全靠我	ExCluster，samExploreR
进口我	APAlyzer，dupRadar，弗雷泽，ribosomeProfilingQC，颈背
建议我	icetea，scPipe，singleCellTK，tidybulk
给我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	Rsubread_2.4.2.tar.gz
Windows二进制	Rsubread_2.4.2.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	Rsubread_2.4.2.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/Rsubread
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Rsubread
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/Rsubread/
软件包下载报告	下载数据
bioc3.12的旧源包	源存档