扫描

doi：10.18129/b9.bioc.scan.upc

单通道阵列归一化（扫描）和通用表达代码（UPC）

生物导体版本：版本（3.12）

扫描是一种微阵列的标准化方法，可促进个性化的医学工作流程。与其将微阵列样本处理为组，它可以引入偏见并提出后勤挑战，而是通过仅使用来自每个数组中的数据进行建模和删除探针和阵列特异性的背景噪声来单独扫描每个样品。扫描可以应用于单渠道（例如Affymetrix）或两通道（例如，安捷伦）微阵列。通用表达代码（UPC）方法是扫描的扩展，该方法估计给定的基因/转录本在给定样品中是否活跃于背景水平以上。UPC方法可以应用于单通道或两通道微阵列以及RNA-Seq读取计数。由于UPC值以相同的量表表示，并且对每个平台具有相同的解释，因此它们可用于跨平台数据集成。

作者：Stephen R. Piccolo和Andrea H. Bild和W. Evan Johnson

维护者：Stephen R. Piccolo

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ scan.upc”）

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文档

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browsevignettes（“ scan.upc”）

PDF	R脚本	底漆
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯
版本	2.32.0
在生物导体中	Bioc 2.11（R-2.15）（8。5年）
执照	麻省理工学院
要看	r（> = 2.14.0），生物酶（> = 2.6.0），奥利戈，，，，生物弦，，，，地球，，，，副词，，，，affyio，，，，foreach，，，，SVA
进口	UTIT，方法，大量的， 工具，iranges
链接
建议	pd.hg.u95a
系统要求
增强
URL	//www.andersvercelli.comhttp://jlab.bu.edu/software/scan-upc
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	scan.upc_2.32.0.tar.gz
Windows二进制	scan.upc_2.32.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	scan.upc_2.32.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scan.upc
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/scan.upc
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/scan.upc/
软件包下载报告	下载统计