Scanvis.

DOI：10.18129 / b9.bioc.scanvis.

Scanvis - 用于评分，注释和可视化接头的工具

Bioconductor版本：释放（3.13）

ScanVIS是一组依赖于注释的工具，用于通过选择的对准工具（例如，星形对准器）来分析接头连接和它们的读取支持。ScanVIS通过与局部分割读取与注释的转录物对齐的上下文来评估每个结的相对读取支持（RRS）。ScanVIS还通过指示通过注释支持结合，如果不是，则扫描结合，并且如果没有，则哪种类型的结是（例如外显子跳过，替代5'或3'事件，新的外显子）。通过指示它是否引起框架偏移，也是未进入的结未进入。ScanVIS包括可视化功能，用于生成描绘相对读取支持的静态生鱼片样式图和使用电弧厚度和电弧高度的分流读数，使用户可以轻松挖掘支持良好的连接。这些绘图也清楚地描绘了使用指定的颜色方案的注释的未解除的连接，用户还可以突出选择选择的接头。如果用户以床格式和/或BAM文件提供变体，则变体和/或读取轮廓也流入绘图。可视化函数的另一个特征是用户可以提交一定疾病或群组的多个样本以生成单个曲线 - 这通过“合并”功能发生，其中多个样本的结细节被合并以生成单个生鱼片，这对比纵横纵曲（例如疾病与控制）是有用的。

作者：Phaedra Agius

维护者：Phaedra Agius

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“scanvis”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

BROWSEVIGNETTES（“SCANVIS”）

PDF.	r script.	Scanvis.
PDF.		参考手册
文本		执照

细节

Biocviews.	2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯
版本	1.6.0
在生物导体中以来	BIOC 3.10（R-3.6）（1.5年）
执照	文件执照
依靠	r（> = 3.6）
进口	绞喉那Plotrix.那rcurl.那rtracklayer.
链接到
建议	kn那RAMAMAMDOW.
系统要求
加强
URL.
取决于我
进口我
建议我
链接给我
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包档案包

跟随2021年欧洲杯比分预测 在r会话中使用此包的说明。

源包	scanvis_1.6.0.tar.gz.
Windows二进制文件	scanvis_1.5.0.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	scanvis_1.6.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/scanvis.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/扫描仪
包短网址	https://biocumon.org/packages/scanvis/
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