SCATE

DOI:10.18129 / B9.bioc.SCATE

SCATE:单细胞ATAC-seq信号的提取和增强

生物导体版本:发布(3.12)

SCATE是一个用于提取和增强稀疏和离散单细胞ATAC-seq信号的软件工具。转座酶可及染色质单细胞测序分析(scATAC-seq)是分析单细胞全基因组调控景观的最先进技术。单细胞ATAC-seq数据稀疏且有噪声，分析此类数据具有挑战性。现有的计算方法无法准确地重建单个细胞或稀有细胞亚群中单个顺式调节元件(cre)的活性。SCATE用于自适应地整合来自共激活的CREs、类似细胞和公开可获得的调控组数据的信息，大大提高了估算单个CREs活动的准确性。我们证明了SCATE可以用来更好地重建异质样本的调控景观。

作者:纪志成，周伟强，侯文品， Hongkai Ji [aut]

维护者:侯文品

安装

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文档

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超文本标记语言	R脚本	1.SCATE包
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细节

biocViews	2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (R-4.0)(0.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	平行,preprocessCore样条函数,splines2,xgboost,SCATEData,Rtsne,mclust
进口	跑龙套,统计数据,GenomicAlignments,GenomicRanges
链接
建议	rmarkdown,ggplot2,knitr
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/Winnie09/SCATE/issues
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	SCATE_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	SCATE_1.0.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	SCATE_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SCATE
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SCATE
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/SCATE/
包下载报告	下载数据