SGSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.SGSeq

RNA-seq数据的拼接事件预测和量化

Bioconductor版本:发布(3.12)

SGSeq是一个用于从RNA-seq数据分析拼接事件的软件包。输入数据是以BAM格式映射到参考基因组的RNA-seq读取。基因被表示为剪接图，可以从现有的注释或从映射的序列读取预测得到。剪接事件从图中识别出来，并在每个剪接变体的开始或结束处使用结构上兼容的读取进行局部量化。该软件包括拼接事件预测、量化、可视化和解释功能。

作者:Leonard Goldstein [cre, aut]

维护者:Leonard Goldstein

安装

要安装这个包，启动R(版本为“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("SGSeq")

对于旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的这个包的版本文档，启动R并输入:

browseVignettes(“SGSeq”)

超文本标记语言	R脚本	SGSeq
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯
版本	1.24.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (R-3.1)(6.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.0),IRanges(> = 2.13.15),GenomicRanges(> = 1.31.10),Rsamtools(> = 1.31.2),SummarizedExperiment、方法
进口	AnnotationDbi,BiocGenerics(> = 0.31.5),Biostrings(> = 2.47.6),GenomicAlignments(> = 1.15.7),GenomicFeatures(> = 1.31.5),GenomeInfoDb,RUnit,S4Vectors(>= 0.23.19)， grDevices, graphics，igraph平行,rtracklayer(> = 1.39.7),统计数据
链接
建议	BiocStyle,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	EventPointer
进口我	Rhisat2
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循安装在你的R会话中使用这个包的说明。

源包	SGSeq_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	SGSeq_1.24.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	SGSeq_1.24.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SGSeq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SGSeq
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/SGSeq/
包下载报告	下载数据