暹罗

doi：10.18129/b9.bioc.siamcat

微生物群落与宿主表型之间关联的统计推断

生物导体版本：版本（3.15）

微生物群落与宿主表型（暹罗）之间关联的统计推断的管道。分析微生物组数据的主要目标是确定与环境因素相关的社区组成的变化。特别是，将人类微生物组组成与宿主表型（如疾病）联系起来已成为强烈研究的领域。为此，至关重要的是鲁棒的统计建模和生物标志物提取工具包。暹罗提供了一条完整的管道支持数据预处理，统计关联测试，统计建模（LASSO逻辑回归），包括用于评估和解释这些模型的工具（例如交叉验证，参数选择，ROC分析和诊断模型图）。

作者：Konrad Zych [AUT]，Jakob Wirbel [AUT，CRE]，乔治·泽勒[aut]，Morgan Essex [CTB]，Nicolai Karcher [CTB]，Kersten Breuer [CTB]

维护者：jakob Wirbel

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ siamcat”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

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html	R脚本	Siamcat Basic Vignette
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细节

生物浏览	2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯
版本	2.0.0
在生物导体中	Bioc 3.7（R-3.5）（4年）
执照	GPL-3
要看	r（> = 3.6.0），MLR3，，，，门索
进口	beanplot，，，，Glmnet，图形，grdevices，网格，Gridbase，，，，栅格，，，，liblinear，，，，矩阵， 方法，Proc，，，，prroc，，，，rcolorbrewer，，，，秤，统计Stringr，utils，信息，，，，进步，，，，Corrplot，，，，lmertest，，，，mlr3learners，，，，mlr3tuning，，，，悖论，，，，lgr
链接
建议	生物使用，，，，Optparse，，，，测试，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，平淡无奇，，，，ggpubr
系统要求
增强
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构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	siamcat_2.0.0.0.tar.gz
Windows二进制	siamcat_2.0.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	siamcat_2.0.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/siamcat
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/siamcat
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/siamcat/
软件包下载报告	下载统计