simd

doi：10.18129/b9.bioc.simd

使用MEDIP-SEQ数据（SIMD）推断每个CpG位点的甲基化水平

生物导体版本：版本（3.12）

该软件包提供了一种推论分析方法，用于检测MEDIP-SEQ数据中差异表达的CPG位点。它使用统计框架和EM算法来识别差异表达的CPG位点。该软件包上的方法在“ Yan Zhou，Jiadi Zhu，Mingtao Zhao，Baoxue Zhang，Chunfu Jiang Jiang and Xiyan Yang（2018年）中，用Medip-Seq数据进行了“甲基化水平的推断和检测差异甲基化”的检测。。

作者：Yan Zhou

维护者：jiadi zhu <2160090406在email.szu.edu.cn>

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ simd”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ simd”）

html	R脚本	Simd教程
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯
版本	1.8.0
在生物导体中	Bioc 3.8（R-3.5）（2。5年）
执照	GPL-3
要看	R（> = 3.5.0）
进口	EDGER，，，，Statmod，，，，甲基mn，统计，utils
链接
建议	生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	simd_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	simd_1.8.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	simd_1.8.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/simd
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/simd
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/simd/
软件包下载报告	下载统计