斯文

DOI：10.18129 / b9.bioc.snphood.

SNPHOOD：使用NGS数据调查，量化和可视化SNP的表观盂邻域

Bioconductor版本：释放（3.13）

迄今为止，已发现成千上万的单一核苷酸多态性（SNPs）与复杂的性状和疾病有关。然而，绝大多数这些疾病相关的SNP位于基因组的非编码部分，并且可能影响调节元件，例如增强剂和启动子，而不是蛋白质的功能。因此，为了了解遗传性状和疾病的分子机制，研究SNP对附近的分子性状的影响越来越重要，例如染色质环境或转录因子（TF）结合。为此目的，我们开发了一个用户友好的* Bioconductor * R包，以研究和可视化NGS数据的一组兴趣的局部邻域，例如来自Chop-SEQ或RNA的染色质标记或转录因子结合位点。SEQ实验。Snphood包括一组易于使用的功能，用于提取，归一化和总结基因组区域的读取，执行各种数据质量检查，使用附加输入文件归一化读取计数，并根据绑定模式群集和可视化区域。每个SNP周围的区域可以以用户定义的方式填充，以允许分析非常广泛的图案以及对特定装订形状的详细研究。此外，Snphood支持与基因型信息的集成，以研究和可视化基因型特异性结合模式。最后，可以使用Snphood用于确定，研究和可视化围绕其感兴趣的SNP的等位基因特异性结合模式。

作者：Christian Arnold [Aut，Cre]，Pooja Bhat [Aut]，Judith Zaugg [Aut]

维护者：基督徒Arnold

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细节

Biocviews.	2021年欧洲杯
版本	1.22.0
在生物导体中以来	BIOC 3.2（R-3.2）（5.5岁）
执照	LGPL（> = 3）
依靠	r（> = 3.1），Genomicranges.那RSAMTOOLS.那data.table.那会计师
进口	deseq2.那簇那ggplot2.那格子那Genomeinfodb.那生物相投那VariantAnnotation.那生物根系那绞喉， 方法，概括分析那rcolorbrewer.那生物仪器，grdevices，格拉底，统计，网格，ilils，重塑2.那秤那S4Vectors.
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建议	生物焦那kn那椒盐粉那RAMAMAMDOW.那snphooddata.那控制
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URL.	https://biocumon.org/packages/snphood.
Bugreports.	christian.arnold@embl.de.
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源包	snphood_1.22.0.tar.gz.
Windows二进制文件	snphood_1.22.0.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	snphood_1.22.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/snphood.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包装/斯别柴
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