SPsimSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.SPsimSeq

半参数模拟工具批量和单细胞RNA测序数据

Bioconductor版本:发行版(3.12)

SPsimSeq使用专门设计的指数族进行密度估计，从给定的真实RNA测序数据(单细胞或体)构建基因表达水平的分布，然后使用高斯-copula从估计的边缘分布模拟一个新的数据集，以保留基因之间的依赖性。它允许模拟多组和批次的任何所需的样品大小和库大小。

作者:Alemu Takele Assefa [aut]， Olivier Thas [ths]， Joris Meys [cre]， Stijn Hawinkel [aut]

维护者:Joris Meys

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“SPsimSeq”)

超文本标记语言	R脚本	SPsimSeq包手册:批量和单细胞RNA-seq数据的半参数模拟
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文本		新闻

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (R-4.0)(< 6个月)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 4.0)
进口	统计数据、方法SingleCellExperiment，fitdistrplus、图形、刨边机，Hmisc，WGCNA，limma，mvtnorm，phyloseq,跑龙套
链接
建议	knitr，rmarkdown，迷幻药，testthat，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/CenterForStatistics-UGent/SPsimSeq
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	SPsimSeq_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	SPsimSeq_1.0.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	SPsimSeq_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SPsimSeq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SPsimSeq
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/SPsimSeq/
包下载报告	下载数据