斯坦

DOI：10.18129 / b9.bioc.stan.

基因组排版包

Bioconductor版本：释放（3.13）

利用隐马尔可夫模型的基因组分割已成为注释基因组元素的有用工具，例如启动子和增强剂。STAN（基因组说明）使用各种不同的概率分布实现（双向）隐马尔可夫模型（HMMS），其可以模拟各种当前基因组数据（例如，连续，离散，二进制）。Stan de Novo学习并将基因组注释为给定数量的“基因组状态”。“基因组状态”可以例如反映不同的基因组相关蛋白质复合物（例如“转录状态”）或描述染色质特征的重复模式（称为“染色质状态”）。与其他工具不同，STAN还允许整合股线特异性（例如RNA）和非链状特异性数据（例如芯片）。

作者：Benedikt Zacher，Julia Ertl，Rafael Campos-Martin，Julien Gagneur，Achim Thresch

维护者：Rafael Campos-Martin

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“stan”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

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细节

Biocviews.	2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯
版本	2.20.0
在生物导体中以来	BIOC 3.0（R-3.1）（6.5岁）
执照	GPL（> = 2）
依靠	方法，poilog.， 平行
进口	Genomicranges.那绞喉那S4Vectors.那生物根系那Genomeinfodb.那GVIZ.那rsolnp.
链接到
建议	生物焦那贡献那kn
系统要求
加强
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包档案包

跟随2021年欧洲杯比分预测 在r会话中使用此包的说明。

源包	stan_2.20.0.tar.gz.
Windows二进制文件	stan_2.20.0.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	stan_2.20.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/stan.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包装/斯坦
包短网址	https://biocumon.org/packages/stan/
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