Sparsesignatures.

DOI：10.18129 / b9.bioc.sparsesignatures.

Sparsesignatures.

Bioconductor版本：释放（3.13）

在基因组中发生的点突变可以基于突变的基础分为96类，其突变为其突变和其两个侧翼碱基。因此，对于任何患者，可以代表在该患者的肿瘤中发生的所有点突变作为长度96的载体，其中每个元素代表患者中给定类别的突变计数。突变签名表示通过细胞内部的诱变或致致诱变过程产生的突变模式。每个签名也可以由长度96的向量表示，其中每个元素表示该特定诱变过程生成96上述类别的突变的概率。在此R包中，我们提供了一组功能来提取和可视化最佳解释大量患者的突变计数的突变签名。

作者：Daniele Ramazzotti [Cre，Aut]，avantika lal [aut]，keli liu [ctb]，luca de sano [aut]，Robert Tibshirani [CTB]，Arend SIDOW [AUT]

维护者：Gmail.com的Luca de Sano

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！percennamespace（“biocmanager”，静静= true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“sparsesignatures”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

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Browsevignettes（“Sparsesignatures”）

PDF.	r script.	Sparsesignatures.
PDF.		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

Biocviews.	2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯
版本	2.2.0
在生物导体中以来	BIOC 3.7（R-3.5）（3年）
执照	文件执照
依靠	r（> = 4.0.0），NMF.
进口	nnlasso.那nnls.， 平行，data.table.那生物仪器那Genomicranges.那绞喉那bsgenome.那genomeinfodb.那ggplot2.那格拉底那重塑2.
链接到
建议	生物根系那bsgenome.hsapiens.1000Genomes.HS37D5那生物焦那testthat.那kn
系统要求
加强
URL.	https://github.com/danro9685/sparsesignatures.
Bugreports.	https://github.com/danro9685/sparsesignatures.
取决于我
进口我
建议我
链接给我
建立报告

包档案包

跟随2021年欧洲杯比分预测 在r会话中使用此包的说明。

源包	sparsesignatures_2.2.0.tar.gz.
Windows二进制文件	sparsesignatures_2.2.0.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	sparsesignatures_2.2.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/sparsesignatures.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondudard.org：包装/ sparsesignatures
包短网址	https://biocumon.org/packages/sparsesignatures/
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