生物导体版本:版本(3.12)
该软件包定义了用于构建,执行和评估计算方法基准实验的台式设计和总结基准类。SummarizedBenchmark类扩展了远程符号expperiment对象,旨在提供基础架构来存储和比较将不同方法应用于共享数据集的结果。该类提供了一个集成的界面,用于存储元数据,例如方法参数和软件版本以及地面真实(如果可以使用)和评估指标。
作者:亚历杭德罗·雷耶斯[aut],帕特里克·凯姆斯[AUT,CRE]
维护者:patrick kimes
引用(从r内,输入引用(“总结基准”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.0”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ summarizeDbench”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
Browsevignettes(“总结基准”)
html | R脚本 | 案例研究:基准非R方法 |
html | R脚本 | 案例研究:单细胞RNA-seq仿真 |
html | R脚本 | 功能:错误处理 |
html | R脚本 | 功能:迭代基准测试 |
html | R脚本 | 功能:并行化 |
html | R脚本 | 总结基准:类详细信息 |
html | R脚本 | 总结基准:完整的案例研究 |
html | R脚本 | 总结基准:简介 |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | 2021年欧洲杯 ,,,,2021年欧洲杯 |
版本 | 2.8.0 |
在生物导体中 | Bioc 3.7(R-3.5)(3年) |
执照 | GPL(> = 3) |
要看 | r(> = 3.6),花花公子,,,,总结性特征,,,,S4VECTORS,,,,生物基因, 方法,insctr,,,,rlang,,,,Stringr,utils,生物比较,,,,GGPLOT2,,,,mclust,,,,dplyr,,,,消化,,,,SessionInfo,,,,蜡笔,,,,蒂布尔 |
进口 | |
链接 | |
建议 | icobra,,,,生物使用,,,,尼特,,,,马格里特,,,,ihw,,,,QVALUE,,,,测试,,,,deseq2,,,,EDGER,,,,林玛,,,,tximport,,,,readr,,,,scrnaseq,,,,飞溅,,,,评分,,,,rnaseqcomp,,,,Biomart |
系统要求 | |
增强 | |
URL | https://github.com/areyesq89/summarizeBenchmark//www.andersvercelli.com/packages/summarizebenchmmark/ |
BugReports | https://github.com/areyesq89/summarizebenchmark/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | Benchmarkfdrdata2019 |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | SummarizedBenchmark_2.8.0.tar.gz |
Windows二进制 | SummarizedBenchmark_2.8.0.zip |
MacOS 10.13(高山脉) | SummarizedBenchmark_2.8.0.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/summarizebenchmark |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:包装/摘要benchmark |
包装短URL | //www.andersvercelli.com/packages/summarizebenchmmark/ |
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