TBSignatureProfiler

DOI:10.18129 / B9.bioc.TBSignatureProfiler

利用TB路径签名分析RA-Seq数据

Bioconductor版本:发行版(3.12)

已经创建了结核病进展、结核病和其他结核病状态的标志。这个包可以很容易地使用这些签名和常见的签名分析工具(包括ASSIGN, GSVA和ssGSEA)来分析RNA-Seq数据。

作者:David Jenkins [aut, cre]， Yue Zhao [aut]， W. Evan Johnson [aut]， Aubrey Odom [aut]， Christian Love [aut]

维护者:David Jenkins

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("TBSignatureProfiler")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“TBSignatureProfiler”)

超文本标记语言	R脚本	TBSignatureProfiler简介
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.11 (R-4.0)(1年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.0.0)
进口	分配(> = 1.23.1),GSVA,SummarizedExperiment,S4Vectors、方法、BiocParallel,ComplexHeatmap,RColorBrewer,ggplot2,reshape2,circlize,glmnet,ROCit,bioDist,readr,引导,DESeq2,脱字符号,ggfortify,e1071,DT,刨边机,singscore,gdata,闪亮的
链接
建议	testthat,拼写,lintr,covr,knitr,rmarkdown,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/compbiomed/TBSignatureProfiler
BugReports	https://github.com/compbiomed/TBSignatureProfiler/issues
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	TBSignatureProfiler_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	TBSignatureProfiler_1.2.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	TBSignatureProfiler_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TBSignatureProfiler
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/TBSignatureProfiler
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/TBSignatureProfiler/
软件包下载报告	下载数据