TCGAutils

DOI:10.18129 / B9.bioc.TCGAutils

TCGA实用程序的数据管理功能

生物导体版本:发布(3.13)

一套检查和操作TCGA数据的助手函数，包括从策划的tcgaddata实验包获得的数据。这些函数的目的是简化TCGA数据并使其更易于管理。

作者:Marcel Ramos, Lucas Schiffer, Sean Davis, Levi Waldron

维护者:马塞尔·拉莫斯<马塞尔。拉莫斯在roswellpark.org >

安装

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如果(!安装BiocManager::install("TCGAutils")

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文档

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browseVignettes(“TCGAutils”)

超文本标记语言	R脚本	TCGAutils必需品
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文本		新闻

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯
版本	1.12.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (R-3.5)(3年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.0.0)
进口	AnnotationDbi，BiocGenerics，GenomeInfoDb，GenomicFeatures，GenomicRanges，GenomicDataCommons，IRanges、方法、MultiAssayExperiment，RaggedExperiment(> = 1.5.7),房车，S4Vectors统计数据,stringr，SummarizedExperiment跑龙套,xml2
链接
建议	BiocFileCache，BiocStyle，curatedTCGAData，ComplexHeatmap，devtools，dplyr，IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19，嫁祸于，knitr，magrittr，mirbase.db，org.Hs.eg.db，RColorBrewer，readr，rmarkdown，RTCGAToolbox(> = 2.17.4),rtracklayer，R.utils，testthat，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/waldronlab/TCGAutils/issues
取决于我
进口我	cBioPortalData，RTCGAToolbox
建议我	CNVRanger，curatedTCGAData，dce，glmSparseNet，netDx
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	TCGAutils_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	TCGAutils_1.12.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	TCGAutils_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TCGAutils
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ TCGAutils
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/TCGAutils/
包下载报告	下载数据