TFBStools.

DOI：10.18129 / b9.bioc.tfbstools.

转录因子结合位点（TFBS）分析的软件包

Bioconductor版本：释放（3.13）

TFBstools是用于分析和操纵转录因子结合位点的包装。它包括位置频率matirx（PFM），位置重量Matirx（PWM）和信息内容矩阵（ICM）之间的矩阵转换。它还可以从序列/对齐，查询Jaspar数据库扫描推定的TFB，并提供De Novo Motif Discovery软件的包装器。

作者：Ge Tan [Aut，CRE]

维护者：GE TAN

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“tfbstools”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

BROWSEVIGNETTES（“TFBSTOOLS”）

HTML.	r script.	转录因子结合位点（TFBS）分析与“TFBStools”包
PDF.		参考手册
文本		消息

细节

Biocviews.	2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯
版本	1.30.0.
在生物导体中以来	BIOC 2.13（R-3.0）（7.5岁）
执照	GPL-2
依靠	r（> = 3.2.2）
进口	BioBase.（> = 2.28），生物仪器（> = 2.36.4），生物根系（> = 0.14.0），生物相投（> = 1.2.21），bsgenome.（> = 1.36.3），厕所（> = 1.17.1），克（> = 1.4.0），DirichletMultinomial.（> = 1.10.0），Genomeinfodb.（> = 1.6.1），Genomicranges.（> = 1.20.6），GTOOLS.（> = 3.5.0），网格，绞喉（> = 2.2.7），方法，DBI.（> = 0.6），rsqlite.（> = 1.0.0），rtracklayer.（> = 1.28.10），seqlogo.（> = 1.34.0），S4Vectors.（> = 0.9.25），tfmpvalue.（> = 0.0.5），XML.（> = 3.98-1.3），xvector.（> = 0.8.0），并行
链接到
建议	生物焦（> = 1.7.7），JASPAR2014（> = 1.4.0），kn（> = 1.11），testthat.那jaspar2016（> = 1.0.0），JASPAR2018（> = 1.0.0）
系统要求
加强
URL.	https://github.com/ge11232002/tfbstools.
Bugreports.	https://github.com/ge11232002/tfbstools/issues.
取决于我
进口我	Chromvar.那enrichtf.那esatac.那Matrixrider.那motifmatchr.那妊娠期
建议我	CageWorkflow.那JASPAR2018那jaspar2020那薄巴那methreg.那网页排名那uposencymotif
链接给我
建立报告

包档案包

跟随2021年欧洲杯比分预测 在r会话中使用此包的说明。

源包	tfbstools_1.30.0.tar.gz.
Windows二进制文件	tfbstools_1.30.0.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	tfbstools_1.30.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/tfbstools.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondudard.org：包/ tfbstools
包短网址	https://biocumon.org/packages/tfbstools/
包裹下载报告	下载统计信息