TRONCO

DOI:10.18129 / B9.bioc.TRONCO

TRONCO是转化肿瘤学的R包

Bioconductor版本:发行版(3.13)

TRONCO(转化肿瘤学)R包通过Suppes-Bayes因果网络的方法收集算法，从肿瘤集合(横断面样本)和单个患者内部(多区域或单细胞样本)推断进展模型。该软件包提供了处理二进制矩阵算法的并行实现，其中每一行代表一个肿瘤样本，每一列代表一个单核苷酸或驱动进展的结构变体;0/1值表示样品中是否存在该变化。该工具可以从普通的，MAF或GISTIC格式文件导入数据，并可以从癌症基因组学的cbiopportal获取数据。提供了数据操作和可视化的功能，以及将这些数据导入/导出到其他生物信息学工具的功能，例如，聚类或检测互斥变化。推断的模型可以可视化，并通过引导和交叉验证来测试它们的置信度。TRONCO用于实现癌症推断管道(PICNIC)。

作者:Marco Antoniotti [ctb]， Giulio Caravagna [aut, cre]， Luca De Sano [aut]， Alex Graudenzi [aut]， Giancarlo Mauri [ctb]， Bud Mishra [ctb]， Daniele Ramazzotti [aut]

维护者:Luca De Sano

安装

要安装此包，启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“TRONCO”)

PDF	R脚本	转化肿瘤学的R包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯
版本	2.24.0
在Bioconductor公司	BioC 3.1 (R-3.2)(6年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.0.0)
进口	bnlearn,Rgraphviz,gtools平行,foreach,doParallel,迭代器,RColorBrewer,circlize,cgdsr,igraph、网格gridExtra,xtable,gtable,尺度,R.matlab， grDevices，图形，统计，工具，方法
链接
建议	BiocGenerics,BiocStyle,testthat,knitr,rWikiPathways
SystemRequirements
增强了
URL	https://sites.google.com/site/troncopackage/
BugReports	https://github.com/BIMIB-DISCo/TRONCO
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	TRONCO_2.24.0.tar.gz
Windows二进制	TRONCO_2.24.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	TRONCO_2.24.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/TRONCO
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/TRONCO
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/TRONCO/
软件包下载报告	下载数据