TSCAN

DOI:10.18129 / B9.bioc.TSCAN

单细胞分析工具

Bioconductor版本:发行版(3.15)

提供基于由聚类质心构造的最小生成树执行轨迹分析的方法。通过将每个集群(或新单元格)中的单元格映射到树中最近的边缘，计算假时间单元格顺序。使用线性建模来识别沿着树的每条路径的差异表达基因。还实现了一些绘图和交互式可视化功能。

作者:纪志成[aut, cre]，纪宏凯[aut]，伦亚伦[ctb]

维护人员:Zhicheng Ji

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("TSCAN")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“TSCAN”)

PDF	R脚本	TSCAN:单细胞分析工具
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯
版本	1.34.0
Bioconductor自	bio 3.0 (R-3.1)(7.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	SingleCellExperiment，TrajectoryUtils
进口	ggplot2，闪亮的，plyr、网格fastICA，igraph，combinat，mgcv，mclust，gplots、方法、统计数据矩阵，SummarizedExperiment，DelayedArray，S4Vectors
链接
建议	knitr，testthat，天窗，食物，metapod，BiocParallel，BiocNeighbors，后面;
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	OSCA。先进,OSCA.multisample
进口我	ctgGEM，盛宴，singleCellTK
建议我	调味品
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	TSCAN_1.34.0.tar.gz
Windows二进制	TSCAN_1.34.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	TSCAN_1.34.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TSCAN
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ TSCAN
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/TSCAN/
包下载报告	下载数据