Timirgen.

DOI：10.18129 / b9.bioc.timirgen.

时间敏感的microRNA-mRNA集成，分析和网络生成工具

Biocometiond版本：释放（3.12）

Timirgen（时间掺入的miR-mRNA生成网络）是一种新的R包，其功能逐渐分析和整合时间课程miRNA-mRNA差异表达数据。此工具可以在R或导出结果中生成小型网络，进入Cytoscape或PathVisio以进行更详细的网络构建和假设生成。该工具是为希望深入时间序列多OMIC数据集的研究人员而创建的。在减少数据方面，Timirgen比许多其他工具进一步。在这里，潜在数百千米潜在的miRNA-mRNA相互作用可以在时间过程中削减到少数高置信性miRNA-mRNA相互作用，其在时间过程中效应了信号通路。

作者：Krutik Patel [Aut，CRE]

维护者：Krutik Patel

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.0”）并输入：

if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“timirgen”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

BROWSEVIGNETTES（“TIMIRGEN”）

HTML.	r script.	Timirgen.
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细节

Biocviews.	2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯
版本	1.0.6
在生物导体中以来	BIOC 3.12（R-4.0）（0.5岁）
执照	GPL-3
依靠	r（> = 4.0），mfuzz.那MultiAsaySayexperiment.
进口	生物雕那ClusterProfiler.那dplyr.（> = 0.8.4），Freqprof.那GTOOLS.（> = 3.8.1），贡献那ggdendro那gghighlight.那ggplot2.，图形，grdevices，iGraph.（> = 1.2.4.2），rcy3.那readxl.那重塑2.那rwikipathways.那秤，统计，Tidyr.（> = 1.0.2），stringr.（> = 1.4.0）
链接到
建议	Biocmanager.那kableextra.那kn（> = 1.27），org.hs.eg.db.那org.mm.eg.db.那testthat.那RAMAMAMDOW.
系统要求
加强
URL.	https://github.com/krutik6/timirgen/
Bugreports.	https://github.com/krutik6/timirgen/issues.
取决于我
进口我
建议我
链接给我
建立报告

包档案包

跟随2021年欧洲杯比分预测 在r会话中使用此包的说明。

源包	timirgen_1.0.6.tar.gz.
Windows二进制文件	timirgen_1.0.6.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	timirgen_1.0.6.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/timirgen.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/ Timirgen
包短网址	https://biocumon.org/packages/timirgen/
包裹下载报告	下载统计信息
BIOC 3.12的旧源包	源档案