topaseq

doi：10.18129/b9.bioc.topaseq

基于拓扑的RNA-seq数据途径分析

生物导体版本：版本（3.12）

实施基于拓扑的RNA-seq数据分析方法。这包括对途径表型关联的拓扑分析（Tappa; Gao和Wang，2007），途径富集分析（PWEA； Hung等，2010）和途径调节评分（PRS； Ibrahim等，2012）。

作者：伊万娜·伊纳托娃（Ivana Ihnatova），伊娃·布丁斯卡（Eva Budinska），路德维格·盖斯特林格

维护者：ivana ihnatova

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ topaseq”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ topaseq”）

html	R脚本	八种基于拓扑的RNA-seq数据途径分析的方法
html	R脚本	基于拓扑的RNA-seq数据途径分析
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯
版本	1.24.0
在生物导体中	Bioc 3.0（R-3.1）（6。5年）
执照	AGPL-3
要看	r（> = 3.5.0），石墨
进口	RCPP，，，，图形， 方法，生物酶，，，，rbgl，，，，总结性特征，，，，Grbase，，，，林玛，，，，公司
链接	RCPP
建议	生物使用，，，，呼吸道，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，deseq2，，，，deseq，，，，EDGER，，，，plotrix，，，，乳腺癌，，，，富集兄弟
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	topaseq_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	topaseq_1.24.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	topaseq_1.24.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/topaseq
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/topaseq
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/topaseq/
软件包下载报告	下载统计