umi4cats.

DOI：10.18129 / b9.bioc.umi4cats.

UMI4CATS：UMI-4C染色质联系数据的处理，分析和可视化

Biocometiond版本：释放（3.12）

UMI-4C是一种允许与感兴趣的诱饵表征3D染色质相互作用的技术，利用超声处理步骤来产生有助于去除复制偏压的独特分子标识符（UMIS），从而允许染色质在条件之间的相互作用更好地进行差异化。此包允许从排序设施提供的FASTQ文件开始处理UMI-4C数据。它提供了用于检测差分触点的两个统计方法，并且包括从UMI-4C测定绘制集成信息的可视化功能。

作者：Mireia Ramos-Rodriguez [AUT，CRE]，Marc Subirana-Granes [Aut]

维护者：Mireia Ramos-Rodriguez

安装

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if（！percenameSpace（“biocmanager”，静静= true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“umi4cats”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

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HTML.	r script.	用UMI4CATS分析UMI-4C数据
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细节

Biocviews.	2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯
版本	1.0.1
在生物导体中以来	BIOC 3.12（R-4.0）（0.5岁）
执照	艺术-2.0
依靠	r（> = 4.0.0），概括分析
进口	魔法那电台那秤那Genomicranges.那缩短那动物园那ggplot2.那重塑2.那林那绞喉那S4Vectors.那Magrittr.那dplyr.那bsgenome.那生物仪器那deseq2.那R.utils.那RSAMTOOLS.那stringr.那rbowtie2.， 方法，Genomeinfodb.那基因管理那rcolorbrewer.，utils，grdevices，统计数据，org.hs.eg.db.那注释那txdb.hsapiens.ucsc.hg19.knowngene.那rlang.那基因组法那biocfilecache.那rappdirs.那FDA.
链接到
建议	kn那RAMAMAMDOW.那生物焦那bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19那Tidyr.那testthat.
系统要求
加强
URL.	https://github.com/pasquali-lab/umi4cats.
Bugreports.	https://github.com/pasquali-lab/umi4cats/issues.
取决于我
进口我
建议我
链接给我
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包档案包

跟随2021年欧洲杯比分预测 在r会话中使用此包的说明。

源包	Umi4cats_1.0.1.tar.gz.
Windows二进制文件	UMI4CATS_1.0.1.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	UMI4CATS_1.0.1.TGZ.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/umi4cats.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/ uii4cats
包短网址	https://biocumon.org/packages/umi4cats/
包裹下载报告	下载统计信息
BIOC 3.12的旧源包	源档案