VAExprs

DOI:10.18129 / B9.bioc.VAExprs

用变分自编码器生成基因表达数据样本

Bioconductor版本:发行版(3.15)

生物医学研究的一个基本问题是观察数量少，这主要是由于缺乏可用的生物样本、高昂的成本或伦理原因。通过将一些真实的观察结果与人工生成的样本相结合，他们的分析结果可能更加稳健，重现性也更高。解决这个问题的一个可能的办法是使用生成模型，这是一种数据的统计模型，试图从观察中捕获整个概率分布。使用变分自编码器(VAE)，一个著名的深度生成模型，这个包的目的是生成带有基因表达数据的样本，特别是单细胞RNA-seq数据。此外，VAE可以利用条件作用产生特定的细胞类型或亚群。有条件的VAE (CVAE)允许我们创建有目标的样本而不是完全随机的样本。

作者:Jung Dongmin [cre, aut]

维护:Dongmin Jung

安装

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如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("VAExprs")

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文档

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browseVignettes(“VAExprs”)

超文本标记语言	R脚本	VAExprs
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细节

biocViews	2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯
版本	1.2.1 "
Bioconductor自	BioC 3.14 (R-4.1)(1年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	keras，mclust
进口	SingleCellExperiment，SummarizedExperiment，tensorflow，嘘，CatEncoders，DeepPINCS，purrr，图,统计数据
链接
建议	SC3，knitr，testthat，网状，rmarkdown
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	VAExprs_1.2.1.tar.gz
Windows二进制	VAExprs_1.2.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	VAExprs_1.2.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/VAExprs
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ VAExprs
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/VAExprs/
包下载报告	下载数据
bioc3.15的旧源包	源存档