VariantAnnotation

DOI:10.18129 / B9.bioc.VariantAnnotation

遗传变异注释

Bioconductor版本:发布(3.12)

注释变异，计算氨基酸编码变化，预测编码结果。

作者:Bioconductor Package Maintainer [aut, cre]， Valerie Oberchain [aut]， Martin Morgan [aut]， Michael Lawrence [aut]， Stephanie Gogarten [ctb]

Maintainer: Bioconductor Package Maintainer < Maintainer，请登录bioconductor.org>

引用(从R中，输入引用(“VariantAnnotation”)):

安装

要安装这个包，启动R(版本为“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("VariantAnnotation")

对于旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的这个包的版本文档，启动R并输入:

browseVignettes(“VariantAnnotation”)

PDF	R脚本	1.介绍VariantAnnotation
PDF	R脚本	2.使用filterVcf从VCF文件中选择变量
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视频		阅读VCF数据

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯
版本	1.36.0
Bioconductor自	BioC 2.9 (R-2.14)(9.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 2.8.0)，方法BiocGenerics(> = 0.15.3),MatrixGenerics,GenomeInfoDb(> = 1.15.2),GenomicRanges(> = 1.41.5),SummarizedExperiment(> = 1.19.5),Rsamtools(> = 1.99.0)
进口	跑龙套,DBI,zlibbioc,Biobase,S4Vectors(> = 0.27.12),IRanges(> = 2.23.9),XVector(> = 0.29.2),Biostrings(> = 2.57.2),AnnotationDbi(> = 1.27.9),rtracklayer(> = 1.39.7),BSgenome(> = 1.47.3),GenomicFeatures(> = 1.31.3)
链接	S4Vectors,IRanges,XVector,Biostrings,Rhtslib
建议	RUnit,AnnotationHub,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20101109,SIFT.Hsapiens.dbSNP132,SIFT.Hsapiens.dbSNP137,PolyPhen.Hsapiens.dbSNP131,snpStats,ggplot2,BiocStyle
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL
取决于我	注释,cgdv17,CNVrd2,deepSNV,ensemblVEP,genotypeeval,HelloRanges,HTSeqGenie,myvariant,PolyPhen.Hsapiens.dbSNP131,PureCN,R453Plus1Toolbox,RareVariantVis,Rariant,seqCAT,测序,SIFT.Hsapiens.dbSNP132,SIFT.Hsapiens.dbSNP137,签名者,SomaticSignatures,StructuralVariantAnnotation,VariantFiltering,变体,VariantTools,VariantToolsData
进口我	AllelicImbalance,APAlyzer,appreci8R,BadRegionFinder,BBCAnalyzer,biovizBase,biscuiteer,CNVfilteR,CopyNumberPlots,COSMIC.67,customProDB,DAMEfinder,decompTumor2Sig,DominoEffect,fcScan,FunciSNP,GA4GHclient,genbankr,GenomicFiles,GenVisR,ggbio,GGtools,gmapR,gQTLstats,gwascat,gwasurvivr,icetea,igvR,karyoploteR,ldblock,MADSEQ,methyAnalysis,MMAPPR2,motifbreakR,musicatk,MutationalPatterns,PGA,scoreInvHap,SigsPack,SNPhood,systemPipeR,TitanCNA,TVTB,Uniquorn,VCFArray,XCIR,YAPSA,yriMulti
建议我	AnnotationHub,AshkenazimSonChr21,BiocParallel,cellbaseR,CrispRVariants,GenomicRanges,GenomicScores,GeuvadisTranscriptExpr,GWASTools,omicsPrint,podkat,旅游房车,SeqArray,飞溅,trackViewer,三人组,vtpnet
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构建报告

包档案

遵循安装在你的R会话中使用这个包的说明。

源包	VariantAnnotation_1.36.0.tar.gz
Windows二进制	VariantAnnotation_1.36.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	VariantAnnotation_1.36.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/VariantAnnotation
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ VariantAnnotation
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/VariantAnnotation/
包下载报告	下载数据