variantexperiment.

DOI：10.18129 / b9.bioc.variantexperiment.

具有GDS后端的VCF / GDS数据的范围内ummarizeMarimentAtment

Biocometiond版本：释放（3.12）

VariantexPeriment是一种用于将VCF / GDS格式的数据保存到范围内ummarizeStement对象的生物导体包。高吞吐量遗传/基因组数据保存在GDSArray对象中。功能/示例的注释数据以DelayedDataMrame格式保存，每个列中的单维GDSArray。测定数据和注释数据的磁盘表示达到磁盘读取和处理，并显着节省了内存空间。RangeDsummarizeSopperiment数据格式的界面使得高吞吐遗传/基因组数据的简单和常见的操作，R和Biocomions中的共同概括分析隐喻。

作者：钱刘[AUT，CRE]，HervéPagès[Aut]，Martin Morgan [Aut]

维护者：钱刘

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.0”）并输入：

if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“Variantexperiment”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

BROWSEVIGNETTES（“Variantexperiment”）

HTML.	r script.	variantexperiment-class
HTML.	r script.	Variantexperiment方法
PDF.		参考手册
文本		消息

细节

Biocviews.	2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯
版本	1.4.2
在生物导体中以来	BIOC 3.10（R-3.6）（1.5年）
执照	GPL-3
依靠	r（> = 3.6.0），S4Vectors.（> = 0.21.24），概括分析（> = 1.13.0），Genomicranges.那GDSARRAY.（> = 1.3.0），delayeddataframe.（> = 1.0.0）
进口	工具，UTILS，统计数据，方法，GDSFMT.那snprelate.那SEQARRAY.那SEQVARTOOLS.那delayedarray那生物仪器那绞喉
链接到
建议	testthat.那kn
系统要求
加强
URL.	https://github.com/bioconductor/variantexperiment.
Bugreports.	https://github.com/bioconductor/variantexperiment/issues.
取决于我
进口我
建议我
链接给我
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包档案包

跟随安装在r会话中使用此包的说明。

源包	Variantexperiment_1.4.2.tar.gz.
Windows二进制文件	variantexperiment_1.4.2.zip.（32-＆64位）
Macos 10.13（高塞拉）	variantexperiment_1.4.2.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/variantexperiment.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondudard.org：包装/ variantexperiment
包短网址	https://biocumon.org/packages/variantexperiment/
包裹下载报告	下载统计信息
BIOC 3.12的旧源包	源档案