vegamc

doi：10.18129/b9.bioc.vegamc

VEGAMC：实现各种分段平滑模型的软件包，以识别癌症驱动染色体失衡

生物导体版本：版本（3.15）

该软件包可以检测驱动染色体失衡，包括阵列比较基因组杂交（ACGH）数据中的杂合性丧失（LOH）。VEGAMC执行数据集的联合分割，并使用统计框架来区分驾驶员和乘客突变。VEGAMC已实施，以便可以立即与PennCNV工具产生的输出集成。此外，VEGAMC在输出两个网页中产生，可以在检测到的区域和改变的基因之间快速导航。在总结了变化基因的网页中，报告了指向各个Ensembl基因网页的链接。

作者：S。Morganella和M. Ceccarelli

维护者：sandro morganella

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ vegamc”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ vegamc”）

PDF	R脚本	vegamc
PDF		参考手册

细节

生物浏览	2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯
版本	3.34.0
在生物导体中	Bioc 2.10（R-2.15）（10。5年）
执照	GPL-2
要看	r（> = 2.10.0），Biomart，，，，生物酶
进口	方法
链接
建议
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	vegamc_3.34.0.tar.gz
Windows二进制	vegamc_3.34.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	vegamc_3.34.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/vegamc
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/vegamc
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/vegamc/
软件包下载报告	下载统计