amplican

DOI:10.18129 / B9.bioc.amplican

自动分析CRISPR实验

生物导体版本:发布(3.13)

“amplican”执行扩增子读取的对齐，标准化收集的数据，计算多个统计数据(例如切割率，帧移)，并以聚合报告的形式呈现结果。数据和统计数据可以通过实验、条形码、用户定义组、指南和放大图进行分解，以便快速识别潜在的问题。

作者:Kornel Labun [aut]， Eivind Valen [cph, cre]

维护者:Eivind Valen < Eivind。瓦伦gmail.com >

安装

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如果(!安装BiocManager::install("amplican")

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细节

biocViews	2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯
版本	1.14.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (R-3.4)(3.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R(>= 3.5.0)，方法，BiocGenerics(> = 0.22.0),Biostrings(> = 2.44.2),data.table(> = 1.10.4-3)
进口	Rcpp， utils (>= 3.4.1)，S4Vectors(> = 0.14.3),ShortRead(> = 1.34.0),IRanges(> = 2.10.2),GenomicRanges(> = 1.28.4),GenomeInfoDb(> = 1.12.2),BiocParallel(> = 1.10.1),gtable(> = 0.2.0),gridExtra(> = 2.2.1),ggplot2(> = 2.2.0),ggthemes(> = 3.4.0),华夫格(> = 0.7.0),stringr(>= 1.2.0)， stats (>= 3.4.1)，matrixStats(> = 0.52.2),矩阵-10年(> = 1.2),dplyr(> = 0.7.2),rmarkdown(> = 1.6),knitr(> = 1.16),clusterCrit(> = 1.2.7)编写
链接	Rcpp
建议	testthat，BiocStyle，GenomicAlignments
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/valenlab/amplican
BugReports	https://github.com/valenlab/amplican/issues
取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	amplican_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	amplican_1.14.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	amplican_1.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/amplican
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ amplican
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/amplican/
包下载报告	下载数据