ccfindr

doi：10.18129/b9.bioc.ccfindr

癌症克隆发现者

生物导体版本：版本（3.13）

用于癌症基因组数据聚类分析的工具，包括单细胞RNA-Seq的工具。细胞聚类和特征基因选择分析采用贝叶斯（和最大似然）非负基质分解（NMF）算法。输入数据集由RNA计数矩阵，基因和细胞条代码注释组成。分析输出是每个等级的多个等级和边际似然值的因子矩阵。该软件包包括用于下游分析的实用程序，包括元基因识别，可视化和簇树的基于等级的树的构造。

作者：Jun Woo [AUT，CRE]，Jinhua Wang [aut]

维护者：umn.edu> jun woo

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ ccfindr”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ ccfindr”）

html	R脚本	CCFINDR：使用贝叶斯非负基质分解的单细胞RNA-seq分析
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯
版本	1.12.0
在生物导体中	Bioc 3.7（R-3.5）（3年）
执照	GPL（> = 2）
要看	R（> = 3.6.0）
进口	统计，S4VECTORS，utils，方法，矩阵，，，，总结性特征，，，，Singlecellexperiment，，，，RTSNE，图形，grdevices，gtools，，，，rcolorbrewer，，，，猿，，，，rmpi，，，，irlba，，，，RCPP，，，，rdpack（> = 0.7）
链接	RCPP，，，，rcppeigen
建议	生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown
系统要求
增强
URL	http://dx.doi.org/10.26508/lsa.201900443
取决于我
进口我
建议我	突变模式
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	ccfindr_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	ccfindr_1.12.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	ccfindr_1.12.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ccfindr
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/ccfindr
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/ccfindr/
软件包下载报告	下载统计