限幅器

DOI:10.18129 / B9.bioc.clipper

利用路径拓扑的基因集分析

Bioconductor版本:发行版(3.13)

采用两步经验方法实现拓扑基因集分析。该方法利用图分解理论建立连接树，重构最相关的信号路径。在第一步中，裁剪器根据从路径拓扑中得到的图的均值和浓度矩阵的统计检验选择显著路径。然后，它“剪辑”整个通路，识别与特定表现型有最大关联的信号通路。

作者:保罗·马提尼<保罗。在gmail.com cavei >，Gabriele Sales , Chiara Romualdi

维护者:保罗·马提尼<保罗。在gmail.com cavei >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("clipper")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“快船”)

PDF	R脚本	限幅器
PDF		参考手册

细节

biocViews	2021年欧洲杯
版本	1.32.0
Bioconductor自	BioC 2.12 (R-3.0)(8年)
许可证	AGPL-3
取决于	R (> = 2.15.0),矩阵，图
进口	方法,Biobase，Rcpp，igraph，gRbase(> = 1.6.6),qpgraph，KEGGgraph，corpcor，RBGL
链接
建议	RUnit，BiocGenerics，石墨，所有，hgu95av2.db，质量，BiocStyle
SystemRequirements
增强了	RCy3
URL
取决于我
进口我
建议我	石墨
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	clipper_1.32.0.tar.gz
Windows二进制	clipper_1.32.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	clipper_1.32.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/clipper
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/限幅器
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/clipper/
包下载报告	下载数据