clonotyper

DOI：10.18129 / b9.bioc.clonotyper.

T细胞抗原受体序列的高通量分析

Biocometiond版本：释放（3.12）

T细胞抗原受体序列的高通量分析编码T细胞受体的基因是通过体细胞重组产生的，产生V，（D）和J区段的巨大组合。重组期间的附加过程在V AN j段之间产生额外的序列分集。统称，这个超变量区域称为CDR3循环。该包的目的是处理和定量分析数百万V-CDR3-J组合，称为Clonotypes，来自多个序列库。

作者：Charles Plessy

维护者：Charles Plessy

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.0”）并输入：

if（！percennamespace（“biocmanager”，静静= true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“clonotyper”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

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Browsevignettes（“Clonotyper”）

HTML.	r script.	Clonotyper用户指南
PDF.		参考手册
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文本		消息
文本		执照

细节

Biocviews.	2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯
版本	1.28.0
在生物导体中以来	BIOC 2.13（R-3.0）（7.5岁）
执照	文件执照
依靠
进口	方法
链接到
建议	生物根系那edger.那kn那Pvclust.那运行那素食主义者
系统要求
加强
URL.	http://clonotyper.branchable.com/
Bugreports.	http://clonotyper.branchable.com/bugs/
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包档案包

跟随2021年欧洲杯比分预测 在r会话中使用此包的说明。

源包	clonotyper_1.28.0.tar.gz.
Windows二进制文件	clonotyper_1.28.0.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	clonotyper_1.28.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/clonotyper
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondudard.org：包装/ clonotyper
包短网址	https://biocumon.org/packages/clonotyper/
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