cn.mops.

DOI：10.18129 / b9.bioc.cn.mops.

CN.MOPS - NGS数据中CNV检测的泊松混合物

Biocometiond版本：释放（3.12）

CN.MOPS（通过泊松的混合物复制编号估计）是用于从下一代测序（NGS）数据的复制数变型和像差（CNV和CNA）的数据处理流水线。包提供函数以将BAM文件转换为读取计数矩阵或基因组范围对象，这是CN.MOPS的输入对象。CN.MOPS在每个基因组位置模拟样本的覆盖深度。因此，它不会遭受沿染色体的读数偏差。使用贝叶斯方法，CN.MOP分解了样本的读取变化分别分别通过其混合组件和泊松分布分解成整数拷贝数和噪声。CN.MOPS保证低FDR，因为高噪声指示错误检测并过滤出。CN.MOPS非常快，并用C ++编写。

作者：Guenter Klambauer

维护者：Gundula povysil

安装

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if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“cn.mops”）

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文件

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PDF.	r script.	CN.MOPS：R包装手册
PDF.		参考手册

细节

Biocviews.	2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯
版本	1.36.0
在生物导体中以来	BIOC 2.9（R-2.14）（9.5岁）
执照	LGPL（> = 2.0）
依靠	R（> = 2.12），方法，UTERS，统计数据，图形，并行，Genomicranges.
进口	生物根系那BioBase.那绞喉那RSAMTOOLS.那Genomeinfodb.那S4Vectors.那exoMecopy.
链接到
建议	dnacopy.
系统要求
加强
URL.	http://www.bioinf.jku.at/software/cnmops/cnmops.html.
取决于我	Panelcn.mops.
进口我	CopyNumberplots.
建议我
链接给我
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包档案包

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源包	cn.mops_1.36.0.tar.gz.
Windows二进制文件	cn.mops_1.36.0.zip.（32-＆64位）
Macos 10.13（高塞拉）	cn.mops_1.36.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/cn.mops.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondudard.org：包/ cn.mops
包短网址	https://biocumon.org/packages/cn.mops/
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