coMethDMR

DOI:10.18129 / B9.bioc.coMethDMR

准确识别epigenome-wide co-methylated和差异甲基化区域的关联研究

Bioconductor版本:版本(3.16)

coMethDMR识别基因组区域与连续表型相关的优化利用之间的共变论文认定在预定义的基因组区域。测试一个基因组区域内的所有论文认定,而是coMethDMR执行一个额外的步骤,选择co-methylated首先不使用任何分区的结果信息。接下来,coMethDMR测试次区域内的甲基化和连续表型之间的联系使用一个随机系数混合效应模型,该模型区域内的CpG位点之间的变化和差异甲基化同时进行。

作者:费尔南达Veitzman (cre) Lissette戈麦斯(aut),蒂亚戈席尔瓦(aut), Ning Lijiao[所有],Boissel马蒂尔德[所有],莉莉王(aut),加布里埃尔奥多姆(aut)

维护人员:费尔南达Veitzman < fveit001 fiu.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“coMethDMR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“coMethDMR”)

HTML	R脚本	coMethDMR与并行计算
HTML	R脚本	介绍coMethDMR
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1)
进口	AnnotationHub,BiocParallel,bumphunter,ExperimentHub,GenomicRanges,IRanges,lmerTest、方法、统计跑龙套
链接
建议	BiocStyle,corrplot,knitr,rmarkdown,testthat,IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19,IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/TransBioInfoLab/coMethDMR
BugReports	https://github.com/TransBioInfoLab/coMethDMR/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	coMethDMR_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	coMethDMR_1.2.0.zip
macOS二进制(x86_64)	coMethDMR_1.2.0.tgz
macOS二进制(arm64)	coMethDMR_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/coMethDMR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ coMethDMR
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/coMethDMR/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/coMethDMR/
包下载报告	下载数据