carpartmap

doi：10.18129/b9.bioc.compartmap

从SCRNA-SEQ和SCATAC-SEQ中的单个细胞中的高阶染色质结构域推断

生物导体版本：版本（3.13）

Carpartmap从SCRNA-SEQ和SCATAC-SEQ中直接推断高阶染色质。该软件包实现了用于计算单细胞水平高阶染色质结构域的詹姆斯 - 斯坦估计器。此外，我们利用随机矩阵理论作为脱氧相关矩阵的一种方法，以实现与HI-C和SCHI-C数据中观察到的类似的“格子样”模式。

作者：本杰明·约翰逊（Benjamin Johnson）[AUT，CRE]，Tim Triche [aut]，Hui Shen [aut]，Kasper Hansen [aut]，Jean-Philippe Fortin [aut]

维护者：本杰明·约翰逊（Benjamin Johnson）

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ carpartmap”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ carcartmap”）

html	R脚本	具有carbartmap的高阶染色质推断
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯
版本	1.10.0
在生物导体中	Bioc 3.8（R-3.5）（2。5年）
执照	GPL-3 +文件执照
要看	r（> = 4.1.0），总结性特征，，，，破烂的经历，，，，生物兴奋，，，，HDF5Array
进口	基因组机，平行，网格，GGPLOT2，，，，RESHAPE2，，，，秤，，，，延迟，，，，rtracklayer，，，，延迟的matrixstats，，，，矩阵，，，，rmtstat
链接
建议	COVR，，，，测试，，，，尼特，，，，RCPP，，，，rmarkDown，，，，降价
系统要求
增强
URL	https://github.com/biobenkj/compartmap
BugReports	https://github.com/biobenkj/compartmap/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	cartmap_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	cartmap_1.10.0.zip（32-和64位）
MacOS 10.13（高山脉）	cartmap_1.10.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/compartmap
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/carbartmap
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/compartmap/
软件包下载报告	下载统计